Лекция 6. Оптимизация геометрии молекулярной динамики
- 00:18Минимизация энергии и другие методы исследования поверхности потенциальной энергии
- 07:52Алгоритмы без использования производных
- 08:32Алгоритмы с использованием производных
- 17:26Минимумы, максимумы, стационарные точки
- 20:23Переходные состояния
- 24:09Методы поиска
- 25:41Проблемы обнаружения единичной конформации глобального минимума
- 27:12Введение времени и температуры в молекулярной механике
- 29:34Молекулярная динамика и метод Монте-Карло
- 30:35Основной принцип и алгоритмы молекулярной динамики
- 34:24Периодические граничные условия
- 39:26Список соседей
- 43:25Ограничения быстрых колебаний и способы увеличить шаг интегрирования
- 49:38Температура
- 53:05Контроль давления в системе
- 55:16Методология подготовки системы для МД
- 57:27Добавление воды в ячейку
- 58:48Молекулярная динамика и неявный растворитель
- 01:02:38Длина траектории МД
